Mục lục bài họcĐang ở d06-b2
Transcription, Translation and Mutation
Transcription
Only one of the two DNA strands, the template strand, is copied. RNA polymerase assembles a molecule of mRNA whose bases are complementary to the template, using uracil wherever the template carries adenine. The mRNA therefore has the same sequence as the non-template strand except that $T$ is replaced by $U$. In eukaryotes the primary transcript contains introns, which are removed by splicing before the mRNA leaves the nucleus through a nuclear pore.
The genetic code
The code is read in triplets called codons. It is non-overlapping, so each base belongs to one codon only; it is read from a fixed starting point; it is degenerate, because $64$ codons specify only $20$ amino acids, so most amino acids have more than one codon; and it is effectively universal, which is why a human gene can be expressed in a bacterium. Three codons are stop codons and code for no amino acid.
Translation and mutation
A ribosome binds the mRNA and moves along it codon by codon. Each tRNA carries an anticodon complementary to one codon and, at its other end, the corresponding amino acid. Two tRNA molecules occupy the ribosome at once; a peptide bond forms between their amino acids, the first tRNA leaves, and the ribosome moves on by one codon. A substitution changes one base: it may be silent if degeneracy means the new codon still codes for the same amino acid, missense if a different amino acid is inserted, or nonsense if a stop codon is created. An insertion or deletion of one or two bases shifts the reading frame, so every codon after that point is misread — almost always destroying the protein completely.
Phiên mã
Chỉ một trong hai mạch DNA được dùng làm khuôn, gọi là template strand. RNA polymerase lắp một phân tử mRNA có base bổ sung với khuôn, và dùng uracil ở mọi chỗ khuôn mang adenine. Vì thế mRNA có trình tự trùng với mạch không phải khuôn, chỉ khác ở chỗ $T$ được thay bằng $U$ — đây là mẹo kiểm tra nhanh khi làm bài. Ở tế bào nhân thực, bản phiên mã đầu tiên còn chứa intron; chúng bị cắt bỏ khi splicing trước khi mRNA rời nhân qua lỗ màng nhân.
Mã di truyền
Mã được đọc theo bộ ba gọi là codon. Nó không gối lên nhau, tức mỗi base chỉ thuộc một codon; nó được đọc từ một điểm khởi đầu cố định; nó thoái hoá (degenerate), vì $64$ codon chỉ mã hoá $20$ amino acid nên phần lớn amino acid có nhiều hơn một codon; và nó gần như phổ quát, chính vì thế mà một gene người biểu hiện được trong vi khuẩn. Ba codon là stop codon và không mã hoá amino acid nào.
Dịch mã và đột biến
Ribosome gắn vào mRNA và trượt dọc theo từng codon. Mỗi tRNA mang một anticodon bổ sung với một codon, và ở đầu kia mang đúng amino acid tương ứng. Hai phân tử tRNA cùng nằm trong ribosome một lúc; một peptide bond hình thành giữa hai amino acid của chúng, tRNA thứ nhất rời đi, ribosome dịch tiếp một codon. Đột biến substitution đổi một base: có thể silent nếu nhờ tính thoái hoá mà codon mới vẫn mã hoá cùng amino acid, missense nếu chèn vào một amino acid khác, hoặc nonsense nếu tạo ra stop codon. Đột biến thêm hoặc mất một hai base làm lệch khung đọc, nên mọi codon từ đó về sau đều bị đọc sai — hầu như luôn phá huỷ hoàn toàn protein.
Mạch khuôn của một gene có trình tự $\text{TAC} \; \text{GGA} \; \text{CTT} \; \text{ACG} \; \text{ATT}$. Viết trình tự mRNA tương ứng, cho biết chuỗi polypeptide dài bao nhiêu amino acid nếu bộ ba cuối là bộ ba kết thúc, và nêu trình tự anticodon của tRNA mang amino acid thứ hai.
Bước 1 — phiên mã. mRNA bổ sung với mạch khuôn, và dùng $U$ thay cho $T$. Ghép từng base: $\text{T} \rightarrow \text{A}$, $\text{A} \rightarrow \text{U}$, $\text{C} \rightarrow \text{G}$, $\text{G} \rightarrow \text{C}$.
Kết quả: $\text{AUG} \; \text{CCU} \; \text{GAA} \; \text{UGC} \; \text{UAA}$.
Bước 2 — kiểm tra hai đầu. Bộ ba đầu là $\text{AUG}$, đúng là bộ ba khởi đầu. Bộ ba cuối là $\text{UAA}$, một trong ba bộ ba kết thúc. Dấu hiệu này cho thấy phiên mã đã làm đúng.
Bước 3 — đếm amino acid. Có năm bộ ba, nhưng bộ ba kết thúc không mã hoá amino acid nào. Vậy chuỗi dài bốn amino acid.
Bước 4 — anticodon của amino acid thứ hai. Codon thứ hai là $\text{CCU}$. Anticodon phải bổ sung với nó: $\text{C} \rightarrow \text{G}$, $\text{C} \rightarrow \text{G}$, $\text{U} \rightarrow \text{A}$, cho ra $\text{GGA}$.
Nhận xét đáng nhớ: anticodon $\text{GGA}$ trùng đúng bộ ba thứ hai của mạch khuôn DNA. Điều đó không phải trùng hợp — bổ sung của bổ sung thì quay về chính nó, chỉ khác $T$ thành $U$. Dùng mẹo này để tự kiểm tra kết quả trong phòng thi.
Một đoạn mRNA đọc là $\text{AUG} \; \text{GCA} \; \text{UUC} \; \text{GAC} \; \text{UAA}$. Xét ba đột biến ở gene: (i) base thứ chín đổi từ $\text{C}$ thành $\text{U}$; (ii) base thứ mười đổi từ $\text{G}$ thành $\text{U}$; (iii) base thứ tư bị mất. Dự đoán hậu quả của từng đột biến.
(i) Đổi base thứ chín, $\text{UUC} \rightarrow \text{UUU}$. Cả hai bộ ba này đều mã hoá phenylalanine, vì mã di truyền thoái hoá: nhiều amino acid có hơn một codon, và codon đồng nghĩa thường chỉ khác nhau ở base thứ ba. Chuỗi polypeptide không đổi. Đây là đột biến silent.
(ii) Đổi base thứ mười, $\text{GAC} \rightarrow \text{UAC}$. Bộ ba mới mã hoá một amino acid khác, nên chuỗi có một amino acid bị thay. Đây là đột biến missense. Hậu quả tuỳ vị trí: nếu amino acid đó nằm trong active site hoặc quyết định cách gấp cuộn thì protein hỏng nặng; nếu nằm ở vùng ít quan trọng thì có thể gần như không ảnh hưởng.
(iii) Mất base thứ tư. Mọi base phía sau bị dồn lên một chỗ, nên khung đọc lệch đi: các bộ ba mới trở thành $\text{AUG} \; \text{CAU} \; \text{UCG} \; \text{ACU} \; \text{AA...}$. Từ điểm đột biến trở đi, toàn bộ chuỗi amino acid sai. Đây là đột biến frameshift, và nó gần như luôn phá huỷ protein hoàn toàn.
Vì sao (iii) nặng hơn (ii) rất nhiều. Một substitution chỉ đụng vào một codon; một deletion đơn lẻ đụng vào mọi codon phía sau. Ngoài ra khung đọc lệch thường tạo ra một bộ ba kết thúc sớm ở chỗ ngẫu nhiên, làm chuỗi bị cắt cụt giữa chừng.
Ngoại lệ đáng nhớ: mất hoặc thêm ba base liền nhau thì khung đọc không lệch — chỉ mất hoặc thêm một amino acid. Đó là lý do đề luôn nói rõ số base bị mất.
Đọc xong rồi — làm thử ngay
Bài tập của chương Nucleic Acids and Protein Synthesis gồm 14 câu trắc nghiệm và 3 đề tự luận. Đáp án hiện ngay khi chọn, miễn phí.